DNA – Baum

Allgemeines

Solch ein DNA-Baum, besser Phylogenetischer Baum oder Phylobaum genannt, zeigt die aus DNA-Sicht vermuteten verwandtschaftlichen Beziehungen einer Gruppe von Lebewesen. Man kann einen Phylobaum auch als stammesgeschichtlichen Baum auffassen.
Bei vielen Pilzgattungen, z.B. den Gattungen der Ordnung Russulales, wird heutzutage zum Erzeugen des Phylobaumes ein ganz bestimmter DNA-Abschnitt herangezogen. Es handelt sich dabei um eine etwa 600 Basenpaare umfassende Sequenz des 5,8S-Gens und der benachbarten ITS-Bereiche (Internal Transcribed Spacer).

Der dargestellte Phylobaum

Es gibt verschiedene Methoden, um aus diesen Sequenzen den Phylobaum (Phylogenetic Tree) zu generieren. Hier handelt es sich um einen nach der Maximum-Likelihood-Methode erstellten Baum, kurz um einen ML-Baum (ML Tree).
Der Baum wird von links nach rechts gelesen. Er beginnt ganz links außen mit der Wurzel, darauf folgen Stamm, Hauptäste, Nebenäste, Zweige, rechts außen schließlich die Blätter, d.h. die Pilzarten.
Die betrachtete Gruppe, hier also die Russula-Arten, bildet die Innengruppe (Ingroup). Zur Definition der Wurzel (Root) benötigt man aber noch die sogen. Außengruppe (Outgroup). Es handelt sich dabei um die Sequenz einer nicht zur betrachteten Gruppe gehörenden, jedoch nahe verwandten Art. Im dargestellten Fall wird eine Art der zu den Russulales gehörenden Gattung Macowanites herangezogen.
Die waagerechte Länge eines Astes ist eim Maß für die Basenpaar-Unterschiede zwischen seinem linken und rechten Ende, ein Maßstabsbalken findet sich unterhalb des Baumes.
Die links von den einzelnen Verzweigungen stehenden Zahlen sind die sogen. Boostrap-Werte, die ein Maß für die vermutete Robustheit/Zuverlässigkeit einer Verzweigung angeben: je höher der Wert, desto zuverlässiger scheint die Verzweigung zu sein.

Die betrachteten Russula-Arten

Bei den grün unterlegten Bezeichnungen handelt es sich um die Sequenzen der auf dieser Internet-Site beschriebenen Funde. Die restlichen Sequenzen wurden den beiden Datenbänken Unite und GenBank entnommen. Dabei wurde darauf geachtet, europäische Funde namhafter Mykologen heranzuziehen.

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